Of cellen lichaamseigen zijn, hangt af van de MHC-eiwitten op de membraan van deze cellen. Lichaamseigen MHC-eiwitten worden door het afweersysteem als lichaamseigen herkend en met rust gelaten. Cellen met lichaamsvreemde MHC-eiwitten worden door het immuunsysteem herkend als lichaamsvreemd en verwijderd.