De membraan laat niet alle stoffen gewoon doorgaan. Hydrofobe stoffen zoals hormonen, gassen en water kunnen moeiteloos door de fosfolipenlaag. Ionen, grote polaire stoffen en grote moleculen kunnen niet door de membraan heen. Met behulp van de celmembraan bepaalt de cel welke stoffen de cel wel, en welke stoffen de cel niet, in of uit mogen.
