Een neutrale mutatie is een mutatie die geen invloed heeft op de werking van het eiwit dat wordt gecodeerd door het betrokken stukje DNA. Deze onveranderde werking kan worden verklaard doordat het gemuteerde triplet voor het zelfde aminozuur codeert (zie afbeelding), of dat er in het eiwit wel een ander aminozuur wordt ingebouwd, maar met dezelfde eigenschappen als het originele aminozuur. een neutrale mutatie heeft geen enkele invloed op de fitheid van het individu.
