Archaea zijn, net als bacteriën prokaryoten omdat ze geen celkern hebben. Archaea zijn vroeg afgesplitst van de bacterien en kunnen worden gezien als de “missing link” tussen de bacteriën en de eukaryoten. Het is een theorie dat uit de Archaea de eukaryoten (cellen met organellen en een celkern) zijn ontstaan. In essentie zijn Archaea verwant aan de bacteriën, maar hebben ze enkele verrassende eukaryotische trekjes in zich. Planten, dieren en schimmels zijn nauwer verwant met de Archaea dan met de andere prokaryoten.