Het protocol
Naast een ethogram heb je ook een protocol nodig. Een protocol is een tabel met meerdere kolommen waarin je de gedragselementen zet van een dier dat je observeert. In de eerste kolom zet je de tijdsintervallen waarop je de gedragselementen opschrijft. In de andere kolommen vul je dus de verschillende gedragselementen in die het dier dan op dat moment uitvoert, en die je al hebt omschreven in je ethogram. Je observeert de dieren voor een bepaalde tijd, want je hebt minimaal 60 metingen per protocol nodig om een goede voorstelling van het gedrag van het dier te krijgen. Als je een relatief rustig dier onderzoekt, dan gebruik je langere tijdsintervallen. Je schrijft dan je waarnemingen om de 15 seconden op, dan krijg je dus 4 waarnemingen per minuut en moet je protocol dus minstens 15 minuten lang zijn. Als het een zeer actief dier is, moet je je waarnemingen bij kortere tijdsintervallen opschrijven. Zo moet je soms om de 5 seconden een waarneming noteren waardoor je per minuut dus 12 waarnemingen noteert en dus aan een protocol van 5 minuten al genoeg zou hebben. Een protocol krijgt zo dus per diersoort een ander formaat.
Gedragsonderzoek uitvoeren
Je hebt als het goed is nu een gevuld ethogram en een leeg protocol voor het dier dat je gaat bekijken. Tijdens je onderzoek kijk je naar het dier en noteer je per tijdsinterval de afkorting van het gedragselement dat het dier vertoont. Zie je dat het dier vooral loopt tussen 51 en 60 seconden, dan noteer je de afkorting van dat gedragselement. Je probeert tijdens het invullen van het protocol alleen te kijken naar het dier dat je hebt gekozen. Een dier doet namelijk niet hetzelfde als het andere dier op hetzelfde tijdstip. Zou je constant wisselen van dier, dan komt er in het protocol een onrealistisch beeld van het gedrag.
Nadat je protocol hebt ingevuld, voer je het gedragsonderzoek nog een paar keer uit, maar dan met andere dieren in de groep. Dit doe je omdat de dieren niet hetzelfde zijn en verschillend gedrag kunnen vertonen. Als je namelijk wil weten hoe gezond Nederland eet, ga je ook niet één persoon ondervragen, maar neem je van verschillende personen uit verschillende standen en groepen een enquête af om een betrouwbaar gemiddelde te berekenen. Als je meerdere protocollen hebt ingevuld kun je een conclusie uit je resultaten trekken en antwoord geven op je onderzoeksvraag. De richtlijn voor het protocol is: minimaal 60 handelingen per protocol. Voor gedegen onderzoek naar gedrag van een dier gebruikt je minimaal drie protocollen.
Een video waarin het gebruik van een protocol wordt uitgelegd is hieronder te bekijken.